Если каждый раз ваша система при загрузке проверяет жесткий диск, то скорее всего он помечен в системе как «грязный».
Чтобы от этого избавиться нужно произвести полную проверку диска.
Откройте «Мой компьютер» > кликните правой кнопкой по диску, который постоянно проверяется > выберите «свойства» > на вкладке «сервис» нажмите кнопку «Выполнить проверку»
В Windows 8.1 это выглядит так: